Gerade ist eine 250MB FLAC bei mir gelandet, aber so ist sie kaum nutzbar.
Unter Linux geht das Schneiden mit den richtigen Tools recht flink, wenn man im Besitz der cue Datei ist, wo die Songlängen hinterlegt sind.
Benötigt werden die cuetools und die shntools, die es über den Downloadmanager gibt.

sudo apt-get install cuetools shntool

… weiterhin werden noch die Pakete flac und wavpack benötigt.

sudo apt-get install flac wavpack

Das eigentliche Schneide erfolt mit dem Befehlen cuebreakpoints und shnsplit.

cuebreakpoints *.cue | shnsplit -o flac *.flac

Als Ergebnis liegen dann Daten split-track*.flac im Verzeichnis und haben schon die richtige Länge. Fehlt nur noch den richtigen Tag in die Dateien zu schreiben.

cuetag *.cue split-track*.flac